Το χρώμα των ματιών όπως και τα υπόλοιπα χαρακτηριστικά του σώματος κληρονομείται από τους γονείς. Το χρώμα ματιών των παιδιών μπορεί να προβλεφθεί με σχετική ασφάλεια, λαμβάνοντας υπόψιν τους παρακάτω κανόνες κληρονομικότητας.

​

Η κληρονομικότητα του χρώματος των ματιών δεν είναι ακριβώς απλή επειδή είναι πολυγενετική, που σημαίνει ότι το αποτέλεσμα δεν επηρεάζεται από ένα γονίδιο αλλά από πολλαπλά συνεργαζόμενα γονίδια. Ακόμη και αν το καφέ θεωρείται το πιο ισχυρό γονίδιο - αυτό που έχει τον μεγαλύτερο έλεγχο έναντι όλων των άλλων χρωμάτων των ματιών, υπάρχουν ακόμα μερικοί παράγοντες που οφείλουμε να λάβουμε υπόψη.

- τα χρώματα των ματιών των γονέων 
- αν οι γονείς είναι ομογυγωτικοί ή ετερόζυγοτικοί για αυτό το χρώμα 
- εάν τα χρώματα των ματιών των γονέων είναι κυρίαρχα ή υπολειπόμενα.

​

Κάθε άτομο μεταφέρει δύο αντίγραφα από κάθε γονίδιο, ένα αντίγραφο που κληρονόμησε από τη μητέρα και ένα που κληρονόμησε από τον πατέρα. Ομοζυγωτικός σημαίνει ότι τα δύο αντίγραφα ταιριάζουν, για παράδειγμα, και τα δύο αντίγραφα να είναι για καστανά μάτια. Αν κάποιος είναι ετερόζυγωτικός, σημαίνει ότι τα δύο αντίγραφα του γονιδίου διαφέρουν (για παράδειγμα, ένα για καστανό και ένα για άλλο χρώμα). Είναι συνήθως αδύνατο να προσδιοριστεί εξετάζοντας το χρώμα των ματιών ενός ατόμου αν είναι ετεροζυγός ή ομόζυγος.  

​

Η κυριαρχία ενός αντιγράφου του γονιδίου πάνω από το άλλο σημαίνει ότι το κυρίαρχο αντίγραφο έχει αποτέλεσμα που μπορείτε να δείτε, στην περίπτωση αυτή, το καστανό χρώμα στα μάτια. Το καφέ (και μερικές φορές το πράσινο) θεωρείται κυρίαρχο. Έτσι,  ένας γονέας με καφέ μάτια μπορεί να φέρει μια καφέ εκδοχή και μια μη καφέ έκδοση του γονιδίου, ενώ ένα μόνο αντίγραφο θα μεταβιβαστεί από εκείνον στα παιδιά του. 

​

Δύο γονείς με καφέ μάτια (αν και οι δύο είναι ετεροζυγωτικοί) μπορεί να έχουν ένα μωρό με μάτια μπλέ. Με βάση αυτούς τους κανόνες, δύο γονείς με μπλέ μάτια φαίνεται ότι δε μπορούν να έχουν ένα παιδί με καφέ μάτια. Ωστόσο το χρώμα των ματιών είναι πολυγενετικό – επηρεάζεται από αρκετά άλλα γονίδια. Έτσι ναι, αν και είναι ασυνήθιστο, είναι δυνατό για γονείς με μπλέ μάτια να έχουν ένα παιδί με μάτια καστανά.

​

​

​

​

​

..